Viinit ja Geenit

Geenit vaikuttavat vahvasti karvaan maistamisen kykyyn. TAS2A38-geeni vaikuttaa karvaalta maistuvan PROP-kemikaalin aistimiseen ja laajemminkin sellaisten ruoka-aineiden maistamiseen, joissa on PROPin kaltaisia aineita. Eräässä tutkimuksessa havaittiin mm. että lapset, jotka maistoivat PROP:n karvaana söivät keskimäärin puolet vähemmän vihanneksia kuin PROP:ia maistamattomat lapset.

Myös alkoholi maistuu tunnetusti karvaalle. Tällä hetkellä on jo jonkin verran tietoa siitä, kuinka TAS2A38-geenin eri muodot vaikuttavat alkoholin maistamiseen. Italialaisessa Carlatinon kylässä tutkittiin 535 ihmistä ja heidän kokemustaan eri alkoholijuomista. Koehenkilöille maistatettiin punaviiniä, valkoviiniä, grappaa, Cinzanoa ja tummaa olutta. Tutkittavia pyydettiin arvostelemaan  jokainen juoma asteikolla 1-9 sen mukaan, kuinka paljon he pitivät juomista. Henkilöt, jotka eivät maista PROP-kemikaalia, pitivät tilastollisesti merkittävästi enemmän punaviinistä, valkoviinistä, grapasta ja Cinzanosta (kts. kuva). Tumman oluen suhteen ero ei ollut niin selkeä. Erityisen voimakkaasti PROPin maistavat henkilöt sen sijaan pitivät selvästi vähemmän näistä samoista alkoholijuomista kuin perusmaistajat. Tämän tutkimuksen perustella TAS2A38-geenin variaatiot vaikuttavat myös alkoholijuomien karvaan maistamisen tuntemuksiin sekä vaikuttavat makumieltymyksiin näiden juomien osalta.

Kuva. Alkoholijuomien arvostelu asteikolla 1-9 PROP-kemikaalin maistamisstatuksen mukaan.

Makuaistimuksen syntyyn vaikuttavat geenien lisäksi opitut mieltymykset. Meillä ei ole tietoa sellaisesta tutkimuksesta, jossa olisi testattu viininharrastajia tai ammattilaisia suhteessa muuhun väestöön. Ovatko parhaita viinin maistajia sellaiset henkilöt, jotka eivät maista karvasta makua lainkaan vai karvaalle erityisen herkät ns. supermaistajat? Vai löytyisikö todelliset viinin tuntijat sittenkin niistä, jotka maistavat alkoholin karvaana, mutta ei kovin pahanmakuisena. Entä voiko harjoittelemalla ”kumota” geenin vaikutuksen makumieltymyksiin?

Perinnöllistä karvaan maistamisen kykyä tutkiva Bitterguide-testi on saatavilla Geenitesti.fi – verkkokaupasta.

Lähteet:

Tepper BJ, White EA, Koelliker Y, Lanzara C, d'Adamo P, Gasparini P. Genetic variation in taste sensitivity to 6-n-propylthiouracil and its relationship to taste perception and food selection. Ann N Y Acad Sci. 2009 Jul;1170:126-39. Review.

Bell KI, Tepper BJ. Short-term vegetable intake by young children classified by 6-n-propylthoiuracil bitter-taste phenotype. Am J Clin Nutr. 2006 Jul;84(1):245-51.

Kuinka paljon lentomatkustaminen lisää laskimotukoksen vaaraa?

Yleisesti on tiedossa, että lentämiseen liittyy kohonnut laskimotukosriski. Mutta minkä suuruinen tämä riski oikeastaan on?

Laskimotukokset yhdistettiin lentomatkailuun jo niinkin aikaisin kuin vuonna 1953. Viime vuosina asiaa on tutkittu enenevässä määrin. Laskimotukosten riski näyttäisi liittyvän matkan pituuteen siten, että riski kasvaa sitä enemmän, mitä pidempi matka on (Lapostolle et al. 2001). Lentomatkustus näyttäisi lisäävän riskiä keskimäärin noin kaksinkertaiseksi (Cannegieter et al. 2006).

Tukosriskiin vaikuttaa matkustamisen ohella moni muukin tekijä, joita selvitettiin Hollannissa tehdyssä MEGA-tutkimuksessa2. Tutkimuksessa kerättiin kuudelta klinikalta 1906 potilasta, joilla oli diagnosoitu ensimmäistä kertaa syvä laskimotukos tai keuhkoveritulppa. Kontrolleina tutkimuksessa toimi potilaiden partnerit. Kaiken kaikkiaan 233 laskimotukoksen saaneista henkilöistä oli matkustanut yli neljä tuntia viimeisen kahdeksan viikon aikana. Mukaan laskettiin matkustaminen lentokoneella, linja-autolla, henkilöautolla ja junalla.

Matkustamiseen liittyvä laskimotukoksen riskin nousu oli tässäkin tutkimuksessa suurin piirtein kaksinkertainen. Lentämisellä ei ollut eroa muihin matkustusmuotoihin verrattuna, mikä viittaisi siihen, että riskin lisäys johtuu nimeen omaan pitkään paikallaan istumisesta. Matkustamiseen liittyneenä riskiä lisäsivät huomattavasti hyytymistekijä V Leiden mutaatio, ylipaino ja yhdistelmäehkäisypillerit. Lisäksi yli 190 cm pituus lisäsi jonkin verran tukoksen riskiä. Alle 160 cm pituisilla ihmisillä oli hieman kohonnut riski vain lentomatkustuksen suhteen. Tarkemmin riskien suuruudet esitellään alla olevassa taulukossa (Cannegieter et al. 2006).

Koska tämäkään tutkimus ei ollut potilasmäärältään kovin suuri, useamman riskitekijän yhteisvaikutusta ei pystytty tutkimaan. Millaisesta riskin noususta puhutaan, jos esimerkiksi hyytymistekijä V:n mutaatiota kantava ylipainoinen henkilö nukkuu koko lentomatkan Aasiaan? Tutkimuksessa ei myöskään pystytty tarkastelemaan yksilöllisiä eroja esim. lääkityksen, nukkumisen, alkoholin käytön tai lentokoneen luokan (business- vai turistiluokka) suhteen. Keskusteluosuudessaan tutkijat kehottavat sellaisia ihmisiä joilla on laskimotukoksen riskitekijöitä (hyytymistekijä V:n mutaatio, yhdistelmäehkäisypillerit, pituutta yli 190 cm tai huomattava ylipaino) vähentämään tukosriskiään jumppaamalla tai tarvittaessa jopa lääkityksellä pitkän matkustuksen ollessa kyseessä. Onneksi laskimotukoksen riskitekijät, mukaan lukien geneettiset riskitekijät, on nykyisin helppo tunnistaa ja tukoksia voidaan välttää yksinkertaisilla toimenpiteillä. 

Kirjallisuutta:

Lapostolle F, Surget V, Borron SW et al. (2001) Severe pulmonary embolism associated with air travel. N Engl J Med. 345:779-83.

Cannegieter SC, Doggen CJ, van Houwelingen HC, Rosendaal FR (2006) Travel-related venous thrombosis: results from a large population-based case control study (MEGA study). PLoS Med. 2006 3:e307.

Tromboguide-geenitesti testaa yleisimmät laskimotukoksen riskiä suurentavat mutaatiot, hyytymistekijä V:n ja protombiinigeenin mutaation. Lue lisää täältä.

Karvaan maistamisen evoluutiosta

Ihmisten karvaan maistamista on tutkittu jo yli 75 vuotta. Parhaiten genetiikaltaan tunnetaan kyky maistaa kemikaali nimeltään fenyylitiokarbamidi (PTC, kts. aiempi blogikirjoitus). PTC:tä ei esiinny luonnossa, mutta sitä läheisesti muistuttavia kemikaaleja löytyy esimerkiksi useista vihreistä vihanneksista, kuten kaalista, kukkakaalista ja parsakaalista. Nämä vihannekset ovat hyvin suurissa määrissä vaarallisia etenkin kilpirauhaselle. Onkin ajateltu, että karvaan maistaminen on ollut evoluutiossa ihmiselle edullista, koska näin on pystytty välttämään kasvisten myrkkyjä.

Ihmisistä kuitenkin vain noin 75% maistaa PTC:n, mutta loput eivät pysty maistamaan tätä kemikaalia ollenkaan. Miksi näitä ei-maistajia edelleenkin esiintyy, jos kerran PTC:n maistamisesta oletettavasti hyötyä? Tutkijat Stephen Woodingin johdolla selvittivät PTC:n maistamisesta vastaavan TAS2R38- geenin evoluutiota Nature-lehdessä julkaistussa artikkelissaan. TAS2R38 geenistä näyttää olevan ihmisillä seitsemän muotoa, joista vain kahta esiintyy yleisesti Afrikan ulkopuolella. Näistä kahdesta muodosta toinen vastaa ei-maistajaa ja toinen maistajaa. Tutkijat selvittivät myös simpanssin kykyä maistaa PTC:tä. Myös simpansseista löytyi maistaja- ja ei-maistajamuotoja. Maistajamuoto simpanssin TAS2R38-geenistä näyttäisi olevan samaa sukuhistoriaa ihmisen kanssa, mutta yllättäen ei-maistajamuoto on erilainen. Tämä osoittaa, että ei-maistajamuodosta on jotain hyötyä, koska se on syntynyt evoluutiossa kahdesti.

Mitä hyötyä TAS2R38:n ei-maistajageenimuodosta sitten on? Eikö luulisi, että parempi kyky maistaa myrkyllisiä aineita olisi edullista sekä ihmiselle että simpanssille? Tästä ei ole vielä selvyyttä, mutta yksi teoria on, että ei-maistajamuoto toimii myös reseptorina jollekin vielä tuntemattomalle aineelle.

Karvaan maun maistamiskykyä mittaava Bitterguide-geenitesti on nyt saatavilla Geenitesti.fi – verkkokaupasta.

Kirjallisuutta:

Wooding S et al. (2006) Independent evolution of bitter-taste sensitivity in humans and chimpanzees. Nature 440:930-4.

Karvaat geenit

Ihmisten kyvyssä maistaa on eroja yksilöiden välillä ja osa näistä eroista johtuu perintötekijöistä. Perusmakuja on viisi: makea, suolainen, karvas, hapan ja umami. Näiden makujen tunnistamisesta vastaa iso joukko reseptoreita kielen pinnalla. Parhaiten tutkittu on karvaan maistamisen yksi alaluokka eli kuinka ihminen maistaa kemikaalin nimeltään PTC (fenyylitiokarbamidi).

Vuonna 1931 kemisti Arthur Fox sekoitteli aineita laboratoriossaan ja vahingossa pölläytti ilmaan yhtä aineista. Pulveria joutui vahingossa naapuritutkijan suuhun ja hän huomautti, että aine maistuu karvaalle. Arthur ei itse ollut huomannut mitään. Toistaessaan maistamisen Arthur ei vieläkään maistanut ainetta. Havainnosta kiinnostuneena hän testasi perhettään ja lähipiiriään ja huomasi, että n. 30% ihmisistä eivät maista PTC:tä karvaana ollenkaan. Pian huomattiin myös, että PTC:n maistaminen periytyi perheissä. Kesti kuitenkin aina vuoteen 2003 asti kunnes löydettiin geeni, joka selitti melkein kokonaan ihmisten erot PTC:n maistamisessa. Tämä geeni, TAS2R38, on yksi karvaan maistamisen reseptoreista kielen pinnalla. Variaatiot geenissä muuttavat reseptoria ja se ei enää pysty tunnistamaan PTC:tä tai sen kanssa samankaltaisia aineita. TAS2R38-geenistä esiintyy eurooppalaisissa kaksi yleistä muotoa. Yhden muodon kantajat eivät pysty maistamaan PTC:tä, kun taas toista muotoa kantavat pystyvät. Jos ihmisellä on kaksi maistamiseen pystyvää geenimuotoa kromosomeissaan, hänestä PTC maistuu erittäin epämiellyttävän karvaalle. Heitä kutsutaan supermaistajiksi.

PTC:tä ei esiinny luonnossa, joten miksi tästä ollaan oltu niin kiinnostuneita? PTC:n kemiallinen kaava on hyvin lähellä isotiosyanaatteja, joita löytyy etenkin vihreistä vihanneksista. Tällaisia vihanneksia ovat esimerkiksi kaali, parsakaali, kukkakaali, ruusukaali, kiinankaali, nauris, retiisi ja parsa. Tästä on seurannut tietysti ajatus, että on tällä vahvasti geneettisellä ominaisuudella vaikutusta myös muiden karvaalta maistuvien asioiden havaitsemiseen. Nykyisin onkin jonkin verran näyttöä siitä, että näin on. Joissakin tutkimuksissa on havaittu, että supermaistajat käyttävät vähemmän karvaalta maistuvia vihanneksia verrattuna ei-maistajiin. PTC-maistajat näyttäisivät myös maistavan karvaan maun herkemmin oluesta ja viinistä. Sama koskee chilipippuria ja kanelia. Vaikka tällä rintamalla on vielä paljon tutkittavaa, niin PTC:n maistamiskyky näyttäisi korreloivan jossakin määrin myös muiden karvaiden makujen havaitsemiseen sekä jopa ruoka-aine valintoihin.

Karvaan maun maistamiskykyä mittaava Bitterguide-geenitesti on saatavilla Geenitesti.fi – verkkokaupasta toukokuussa 2011.

Kirjallisuutta

Lee Phillips M "Scientists Find Bitter Taste Gene". 15 July 2003

Tepper BJ. ”Nutritional implications of genetic taste variation: the role of PROP sensitivity and other taste phenotypes.” Annu Rev Nutr. 2008;28:367-88. Review

Geenitestistä tukea kolesterolilääkitykseen

Statiinit ovat keskeinen lääkeaineryhmä korkean kolesterolin hoidossa. Kuten muihinkin lääkkeisiin, myös statiinien käyttöön liittyy haittavaikutuksia. Eräs statiinien käyttöön liittyvistä haittavaikutuksista on myopatia, joka ilmenee lihaskipuna, lihasten arkuutena ja heikkoutena tai lihaskramppeina. Lisäksi myopatiapotilaiden kreatiinikinaasientsyymin pitoisuudet ovat koholla. Joissain tapauksissa myopatia voi edetä rabdomyolyysiksi, joka on henkeä uhkaava tila.

Statiinilääkehoitoon liittyvä myopatia-alttius on vahvasti geneettinen ominaisuus. Parhaiten on osoitettu SLCO1B1-geenin ja simvastatiini-lääkkeen välinen yhteys. Suurilla simvastatiiniannoksilla (80 mg) jopa 18 % potilaista, joilla oli kaksi SLCO1B1-geenin riskialleelia (homotsygootti C/C) sai myopatian. Sen sijaan yksi riskialleeli (C/T) nostaa myopatian riskiä vain hiukan (3 %) verrattuna sellaisiin potilaisiin, joilla ei ollut yhtään SLCO1B1-geenin riskimuotoa (0,6 %) (SEARCH Collaborative Study Group 2008). SLCO1B1:n geenimuoto altistaa myopatialle myös muita statiineita käytettäessä, mutta hiukan vähemmissä määrin. Nykyisten suositusten mukaan statiinien käyttö suurina päiväannoksina ei olekaan suositeltavaa sellaisilla henkilöillä, joilla on suuren riskin C/C-geenimuoto.

SLCO1B1-geeni koodittaa erästä siirtäjäproteiinia, joka siirtää elimistön omia aineita sekä lääkeaineita maksaan. Geenin C-muoto aiheuttaa aminohappomuutoksen, joka heikentää tämän siirtäjäproteiinin kykyä kuljettaa statiinia verenkierrosta maksaan. Tämän seurauksena statiinin pitoisuus verenkierrossa nousee, mikä johtaa lisääntyneeseen myopatian riskiin.

Suomessa on noin 600 000 statiinin käyttäjää. Heistä arviolta 24 000:lla on korkean riskin C/C-geenimuoto ja 190 000:lla myopatian riskiä jonkin verran lisäävä C/T-geenimuoto. SLCO1B1:n geenitestillä voidaan havaita helposti ja nopeasti henkilöt, joilla on suuri riski myopatiaan ja tämä voidaan ottaa huomioon korkean kolesterolin hoitoa suunniteltaessa.

Statiinimyopatian geenitesti on erinomainen esimerkki siitä, kuinka genetiikan avulla voidaan parantaa lääkehoidon turvallisuutta. Tulevaisuudessa tulemme näkemään yhä enemmän geeneihin perustuvia työkaluja lääkehoidon tukena. Geenitestien avulla voidaan arvioida paitsi lääkkeiden turvallisuutta, myös niiden tehoa ja oikeaa annostelua. Lisäksi yhä useammin geeniperimän vaikutus otetaan huomioon jo lääkekehityksen aikana, jolloin lääkkeet voidaan kohdistaa mahdollisimman tehokkaasti ja turvallisesti kunkin potilaan geeniperimään perustuen. 

Statiinimypatian riskiä kartoittava Statinguide-geenitesti on saatavilla Geenitesti.fi – verkkokaupasta toukokuussa 2011.

Kirjallisuutta:

SEARCH Collaborative Study Group. SLCO1B1 variants and statin-induced myopathy – a genomewide study. N Engl J Med 2008;359:789-99.

Niemi M. Geenimuunnos statiinien aiheuttaman myopatian takana. Duodecim 2009;125:241-3.

Kommentteja NEJM:n kuluttajien geenitestejä käsittelevään tutkimukseen

Lääketieteen ehkä arvostetuin lehti New England Journal of Medicine (NEJM) julkaisi 12. tammikuuta artikkelin kuluttajille suunnattujen geenitestien vaikutuksesta ihmisten käyttäytymiseen. Tutkijaryhmä teki nettiselvityksen 3639 henkilölle, jotka tilasivat geenitestipaketin yhdysvaltalaiselta Navigenics-yritykseltä. Nyt julkaistussa tutkimuksessa he raportoivat tulokset verkkokyselystä kolme kuukautta testin tilaamisen jälkeen. Osallistujista 66% osallistujista täytti kyselyn. Navigenics ei osallistunut tutkimuksen rahoitukseen tai toteutukseen.

Tutkimus oli siis verkkopohjainen kyselytutkimus, jossa tutkittiin käyttäytymisen muutoksia geenitestin jälkeen. Siinä mitattiin ahdistuneisuutta, rasvan käyttöä ja liikunnan määrää. Lisäksi tutkittiin terveyspalveluiden käyttöä testien jälkeen. Tutkimuksen päätulos oli, että geenitestin tehneiden henkilöiden ahdistuneisuus ei lisääntynyt geenitestien ottamisen jälkeen. Kuluttajien geenitestejä on syytetty ahdistuksen lisäämisestä, mutta tämän tutkimuksen perusteella tälle väitteelle ei ole perusteita.

Toisaalta tutkittavat eivät myöskään raportoineet muutoksia rasvan käytössä tai liikunnan määrässä. Tämä ei ole yllättävää, sillä kolmen kuukauden seuranta ei välttämättä ole riittävä osoittamaan kaikkia muutoksia käyttäytymisessä. Tutkimuksessa ei myöskään tehty mitään kliinisiä mittauksia (paino, verenpaine, kolestrolit yms.).

Navigenics tarjoaa asiakkailleen perinnöllisyysneuvontaa ja 10,4% asiakkaista hyödynsi tätä. Näiden tutkituiden käyttäytymisessä ei havaittu muutosta kolmen kuukauden seurannassa. Mielenkiintoista oli, että jopa 26,5% hakeutui tulostensa kanssa lääkärin vastaanotolle. Näiden tutkittujen ahdistuneisuus ei lisääntynyt, mutta rasvan käyttö väheni ja liikunta lisääntyi. Tästä voi joko päätellä että Navigenicsin tarjoama palvelu ei ollut riittävää tai sitten lääkärille hakeutuneet olivat jo lähtökohtaisesti kiinnostuneempia tekemään muutoksia elämässään. Joka tapauksessa tulemme näkemään tulevaisuudessa enenevissä määrin geenitestejä tilanneita asiakkaita lääkäreiden vastaanotolla. Tämä tietysti asettaa vaatimuksia lääkäreiden perinnöllisyystieteen osaamiselle. Viimeaikaisessa kyselyssä Yhdysvalloissa vain 10% lääkäreistä koki osaavansa riittävästi genetiikkaa.

Mitä tästä tutkimuksesta voi sitten soveltaa Geenitesti.fi:n palveluun? Valitettavasti aika vähän. Ensiksikin tutkimus tehtiin USA:ssa eikä Suomesssa. Toiseksi Navigenicsin palvelu on hyvin erilainen kuin Geenitesti.fi:n. Geenitesti.fi tarjoaa tarkkaan valittuja testejä ja tuloksen mukana tulee laaja tietopaketti. Ihmiset siis tilaavat niitä testejä, jotka heitä alunperinkin kiinnostavat ja joihin heillä on tarve. Navigenicsillä on myös paljon testejä joiden merkitys ihmisen sairastuvuuteen on erittäin vähäistä (alle 10% luokkaa). Kolmanneksi, vaikka Navigenics tarjoaa laktoosi-intoleranssia ja hyytymistekijä V:n testausta (sivuilta ei selviä, onko protrombiinigeeni mukana), niin artikkelin tuloksissa näitä ei oltu eroteltu, joten asiaa ei voi tarkastella näiden testien kannalta (kts. appendix). Tutkimuksella ei siis oikein ole soveltuvuutta näihin testeihin yksittäin tarjottuna.

Vaikkakaan tulokset eivät suoraan sovellu palveluumme, niin katsomme erittäin positiiviseksi tulokseksi, että ainakaan tutkimushenkilöiden ahdistuneisuus ei lisääntynyt geenitestin ottamisen jälkeen. Tästähän kuluttajien geenitestausta on aina syyllistetty. On myös huomattava, että Navigenicsin testipaketti on hyvin laaja ja sisältää tietoa myös vakavista sairauksista kuten syöpä- ja Alzheimer-alttiudesta. Nyt raportoidut tulokset perustuivat kolmen kuukauden seurantaan, mutta odottelemme jo mielenkiinnolla tuloksia vuoden seurannan jälkeen.

Kuluttajien geenitestit edistävät osallistumista oman terveyden ylläpitoon

Matti Äyräpää - palkinto myönnettiin tänä vuonna geenitutkimuksessa ansioituneelle professori Juha Kerelle. STT:n haastattelussa (8.1.) Kere kuvaili geenitestauksen kliinistä potentiaalia varsin vähäiseksi ja kuittasi suoraan kuluttajille myytävät geenitestit ”vain viihteeksi”. Tämä on yllättävää, sillä osa kuluttajille suunnatuista geenitesteistä on aivan samoja testejä joita tehdään julkisessa terveydenhuollossa. Onko kysymys siis siitä, että lääkärit tilaavat potilailleen tuhansia testejä joilla on lähinnä viihteellistä arvoa? Vai mahdollisesti siitä, että testin arvon katsotaan laskevan viihteen puolelle jos tilaaja on kuluttaja eikä lääkäri?

Tämä on aiheellinen kysymys, sillä kuluttajien osallistuminen oman terveyden seurantaan ja ylläpitoon on selvästi lisääntynyt. Tänä päivänä kuluttajat mittaavat esimerkiksi verenpaineensa tottuneesti itse. Kysymys ei ole lääkärin työn ulkoistamisesta saatikaan viihteellisestä toiminnasta, vaan siitä, että potilaiden osallistuminen oman terveyden hoitoon on varsin tehokas tapa ehkäistä ja hoitaa sairauksia sekä kohentaa elintapoja. Terveyttä edistävä osallistuminen onkin yksi Sosiaali- ja terveysministeriön Terveyden edistämisen laatusuosituksen päälinjauksista.

Osallistuminen oman terveyden edistämiseen edellyttää omakohtaista kiinnostusta ja aloitteellisuutta. Suurin osa kuluttajista onkin lähtökohtaisesti kiinnostuneita terveydestään. Juuri julkaistun tutkimuksen mukaan 76 % kuluttajista olisi halukkaita maksamaan hypoteettisesta testistä, jolla selvitettäisiin sairastumisriskejä, siinäkin tapauksessa että tiedolla ei olisi mitään vaikutusta henkilön hoitoon. Tulokset osoittavat, että ihmiset arvostavat ennakoivaa tietoa jo tiedon itsensä vuoksi, mutta myös sen takia että voivat sopeuttaa käyttäytymistään tiedon perusteella.

Geenitestaus tarjoaa kuluttajille uudenlaisen mahdollisuuden vaikuttaa oman terveyden edistämiseen. Amerikkalaisen tutkimuksen mukaan yli puolet geenitestin tilanneista kuluttajista koki saaneensa geenitesteistä terveyttä edistävää tietoa. Kolmasosa kuluttajista oli muuttanut elintapojaan tulosten perusteella ja noin puolet aikoi keskustella tuloksistaan lääkärin kanssa. Toisin sanottuna geenitestaus on erittäin tehokas tapa lisätä kuluttajien osallistumista oman terveyden edistämiseen ja ohjata korkean riskin henkilöt lääkärin hoidon piiriin. Tästä hyötyy yksittäisen kuluttajan lisäksi koko yhteiskunta.

Myös lääkärin työssä geenitesteistä on jo nyt merkittävää hyötyä. Hyvä esimerkki on laktoosi-intoleranssi, jossa epämiellyttävän laktoosirasituskokeen on suurelta osin korvannut geenitesti. Geenitestaus mahdollistaa myös sairausalttiuksien varhaisen tunnistamisen aivan uudella tavalla. Esimerkiksi perinnöllisen laskimotukosalttiuden selvittäminen geenitestillä mahdollistaa ennaltaehkäisevän hoidon ja neuvonnan kohdentamisen tukosalttiille henkilöille.

Tulevaisuudessa geenitestaukselta voidaan odottaa vielä enemmän, sillä on vaikea löytää tieteenalaa, joka kehittyisi yhtä kovaa vauhtia kuin genetiikka: sekvensointi on nopeimmin kehittyvä teknologia maailmassa, kansantaudeille altistavia geenejä opitaan tuntemaan koko ajan paremmin ja lääkehoitoja kehitetään yhä enemmän potilaiden yksilölliseen geneettiseen profiiliin perustuen. On selvää, että genetiikka tulee lähivuosina olemaan yksi eniten lääketiedettä edistävistä teknologioista.

Suomessa genetiikan tutkimukseen on investoitu merkittäviä summia ja geenitutkimus onkin yksi niistä tieteenaloista, joissa Suomi on lähellä kansainvälistä kärkeä. Geenitestauksen mahdollisuudet terveyden edistämisessä ovat kuitenkin vielä suurelta osin hyödyntämättä niin terveydenhuollon piirissä kuin kuluttajienkin keskuudessa. Tämän toteutuminen edellyttää aktiivista osallistumista ja yhteistyötä genetiikan tutkijoilta, terveydenhuollon ammattilaisilta sekä kaupallisilta toimijoilta.

Niina Saarinen
Toimitusjohtaja
Geenitesti.fi / Genecodebook Oy

Kirjoitus on julkaistu tiivistettynä Kalevassa 14.1.2011

Laktoosi-intoleranssi vaikuttaa painoon

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen tutkijat ovat tehneet mielenkiintoisen tutkimuksen laktoosi-intoleranssin vaikutuksesta ruumiin rakenteeseen. Tutkimuksessa määritettiin 31 729:n eurooppalaisen henkilön laktoosi-intoleranssi geenitestillä ja tämän vaikutusta verrattiin ruumiinpainoon, painoindeksiin ja pituuteen. Tulosten mukaan perimältään laktoosi-intolerantikot olivat keskimäärin yhden kilon (kg) laihempia kuin laktoosia sietävät henkilöt. Laktoosi-intoleranssin ei havaittu sen sijaan vaikuttavan pituuteen.

Useilla muilla perinnöllisillä tekijöillä sekä ruokavaliolla on käytännössä laktoosi-intoleranssia suurempi vaikutus ruumiinpainoon. Tulos on silti mielenkiintoinen, sillä se tukee ajatusta siitä, että laktoosin sieto on ollut historian saatossa hyödyllinen ominaisuus ja se on yleistynyt luonnonvalinnan seurauksena (kts. myös: Laktoosi-intoleranssi on yleisempää kuin maidon sietäminen). Tutkijat arvelivat, että painoeroon johtava mekanismi liittyy todennäköisimmin laktoosia sietävien henkilöiden parempaan energiansaantiin.


















(Kuva: Wikipedia)

Viitteet:

Kettunen J et al. (2010) European lactase persistence genotype shows evidence of association with increase in body mass index. Hum Mol Genet 19: 1129-1136.

Kettunen J. Examination of Genetic Components Affecting Human Obesity-Related Quantitative Traits. PhD thesis. University of Helsinki 2010.

Geenitesti.fi on nyt avattu!

Tervetuloa tutustumaan Geenitesti.fi-palveluun! Geenitesti.fi tarjoaa täysin uudenlaisen kanavan hankkia tietoa omasta perimästäsi. Voit tilata haluamasi geenitestin nykyaikaisesti ja mutkattomasti verkkopalvelumme kautta. Testi otetaan kotona ja saat vastauksen omalle profiilisivulle Geenitesti.fi -verkkopalveluun.

Geenitesti.fi-palvelun tavoitteena on tuoda genetiikan uusimmat ja kiinnostavimmat löydökset jokaisen ulottuville, ja pyrimme jatkuvasti tuomaan valikoimaamme uusia testejä. Kannattaa siis seurata säännöllisesti Geenitesti.fi-palvelun kehittymistä.

Laktoosi-intoleranssi on yleisempää kuin maidon sietäminen

Maitosokeri eli laktoosi on imeväisikäisille tärkeä energianlähde. Maitotuotteet kuuluvat myös useimpien aikuisten suomalaisten jokapäiväiseen ruokavalioon. Jotta elimistö voisi käyttää laktoosia hyväkseen, se täytyy pilkkoa suolistossa glukoosiksi ja galaktoosiksi. Tätä pilkkomistehtävää suorittaa laktaasientsyymi.

Maitosokeria pilkkova laktaasientsyymi on aktiivinen lapsuusiässä, mutta se häviää usein suurimmaksi osaksi tai lähes kokonaan aikuistuessa. Tällöin elimistö ei pysty enää pilkkomaan laktoosia, jolloin se kulkeutuu pilkkoutumattomana paksusuoleen. Paksusuolessa bakteerit hajottavat laktoosin hapoiksi, vedeksi ja kaasuiksi aiheuttaen vatsaoireita. Tällöin puhutaan laktoosi-intoleranssista. Toisaalta suurella osalla suomalaisväestöä laktaasientsyymin toiminta säilyy läpi aikuisiän ja maitotuotteiden käyttäminen ei aiheuta oireita.

Pohjoismaissa ja Euroopassa laktoosin sieto vielä aikuisiässäkin on hyvin yleistä ja esimerkiksi Suomessa ainoastaan 17 % väestöstä kärsii laktoosi-intoleranssista. Maailmanlaajuisesti tilanne on kuitenkin päinvastainen ja laktoosi-intoleranssi onkin globaalisti laktoosin sietoa yleisempi tila. Oheisesta kuvasta näkyy laktoosi-intoleranssin esiintyvyys eri puolilla maailmaa.















Kuva: Laktoosi-intoleranssin esiintyvyys maailmanlaajuisesti (http://en.wikipedia.org/wiki/File:Laktoseintoleranz-1.svg)

Laktoosin sietäminen on geneettisesti määräytyvä ominaisuus. Euroopassa laktoosin sietoon yhdistyy vahvasti laktaasigeenin säätelyalueella sijaitseva geenimuoto −13910*T. Tämän geenimuodon on arveltu syntyneen Balkanin ja Keski-Euroopan välimaastossa noin 7500 vuotta sitten ja sen ajatellaan yleistyneen väestössä siinä vaiheessa, kun laiduntamiskulttuuri ja maidon käyttö ravinnoksi on lisääntynyt. Toisin sanoen laktoosin sietäminen on ollut historian saatossa edullinen ominaisuus, mikä on edesauttanut sen yleistymistä väestötasolla. Laktoosin sietoa pidetäänkin malliesimerkkinä viimeaikaisesta evoluutiosta ja hyödyllisen geneettisen ominaisuuden valikoitumisesta väestössä. Laktoosi-intoleranssi on puolestaan geneettisesti ihmisen alkuperäinen ominaisuus.

Viitteet:
Enattah NS et al. (2002) Identification of a variant associated with adult-type hypolactasia. Nat Genet. 30:233-7.
Itan Y et al. (2009)The Origins of Lactase Persistence in Europe. PLOS Comput Biol. 5: e1000491.
Wikipedia

Mikä tekee Geenitesti.fi – palvelusta ainutlaatuisen?

Pian avattava Geenitesti.fi-palvelu on herättänyt paljon mielenkiintoa niin kuluttajien, median kuin terveydenhuollon ammattilaistenkin keskuudessa. Omat geenit ja perimä yleensä kiinnostavat ihmisiä, ja genetiikkaan perustuvalle terveyspalvelulle on selvästikin paljon kysyntää.

Geenitesti.fi ei ole kuitenkaan ainoa kuluttajien geenitestausta tarjoava palvelu. Meiltä kysytäänkin toisinaan sitä, miten palvelumme eroaa muista kuluttajien geenitestauspalveluista, kuten vaikkapa yhdysvaltalaisista 23andme- ja Navigenics-palveluista. Mikä siis tekee Geenitesti.fi – palvelusta ainutlaatuisen?

Geenitestaus ja tulosten tulkinta edellyttää syvällistä genetiikan asiantuntemusta. Yksi palvelumme perusajatuksista on se, että tarjoamme ihmisille ainoastaan sellaisia testejä, jotka antavat selvän, tieteellisesti validin ja käytännössä merkittävän tuloksen. Suomalaiset lääketieteellisen genetiikan asiantuntijat ovat arvioineet huolellisesti kaikki Geenitesti.fi–palvelun valikoimassa olevat testit ja niistä annettavat vastaukset. Tämä takaa sen, että Geenitesti.fi-palvelun tarjoama informaatio on aidosti hyödyllistä asiakkaille, tulokset on tulkittu asiantuntevasti ja ne tarjotaan mahdollisimman helpossa muodossa. Vastaus sisältää myös laajasti tietoa testattavasta sairaudesta, sen genetiikasta ja siitä, miten tuloksen voi huomioida esimerkiksi elintavoissa.

Muilla kuluttajien geenitestausta tarjoavilla palveluilla on sen sijaan hyvin erilainen lähestymistapa. Esimerkiksi yhdysvaltalaiset 23andme- ja Navigenics–palvelut myyvät tietoa noin 500 000:sta geneettisestä variaatiosta. Vaikka määrä saattaa kuulostaa vaikuttavalta on hyvä tietää, että todellisuudessa näistä ainoastaan noin sata variaatiota sisältää jotain tunnettua terveys- tai muuta informaatiota. Tämänkin informaation tieteellinen näyttö saattaa olla hyvin kevyttä tai tutkitut alttiusgeenit saattavat kuvastaa marginaalisia riskin nousuja. Tällöin valistuneenkin kuluttajan on vaikea tehdä oikeita tulkintoja tulostensa pohjalta. Toisin sanoen tarjotut tulokset eivät todennäköisesti useinkaan lisää ihmisten ymmärrystä omasta terveydentilastaan tai auta heitä vaikuttamaan omaan terveyteensä oikealla tavalla.

Mielestämme esimerkiksi 23andme tarjoaa asiakkailleen enemmänkin viihdyttävää ”nice-to-know” geenitietoa kuin merkityksellisien alttiusgeenien tutkimusta. Tällekin palvelumallille on varmasti oma tilauksensa ja asiakaskuntansa. Me olemme puolestamme halunneet perustaa palvelun, jonka ensisijainen tavoite on geenitiedon hyödyntäminen ihmisten terveyden tai muun hyvinvoinnin edistämisessä. Haluamme siis antaa selkeitä ja asiantuntevasti tulkittuja vastauksia selkeisiin ihmisiä kiinnostaviin kysymyksiin. Tällöin jokaisen tuloksen pitää olla merkittävä niin tieteellisesti kuin käytännönkin kannalta. Olemme myös sitä mieltä, että testitulosten hyödyntäminen käytännössä edellyttää riittävää, innostavaa ja selkokielistä informaatiota kyseisestä testistä ja sen tuloksesta. Tämän takia panostamme poikkeuksellisen paljon tulosten mukana tarjottavaan asiantuntevaan informaatioon ja palveluun.

Geenitesti.fi-palvelu tarjoaa alkuvaiheessa Lactoguide-testin laktoosi-intoleranssin tutkimiseksi sekä Tromboguide-testin perinnölliseen verisuonitukoksen alttiuden selvittämiseksi. Nämä ovat hyviä esimerkkejä siitä, kuinka geenitietoa voidaan hyödyntää oireiden tai sairauksien ennaltaehkäisyyn ja terveyden ylläpitoon. Palvelumme kehittyy koko ajan ja suunnittelemme tuovamme saativille piakkoin useita uusia asiakkaillemme aidosti hyödyllisiä geenitestejä.

Tieto omista geeneistä edistää terveyttä

Akatemiaprofessori Seppo Ylä-Herttuala kritisoi Sunnuntaisuomalaisessa (10.10.) kovin sanoin kuluttajille tarjottavia geenitestejä. Artikkelissa maalaillaan uhkakuvia siitä, kuinka geenitestit tuottavat vain ahdistusta asiaa ymmärtämättömille kuluttajille. On kuitenkin epäselvää, mihin kritiikki kohdistuu.

Ylä-Herttualan visioima lasten systemaattinen geeniprofilointi varmasti voisikin aiheuttaa huolta ja ahdistusta. On kuitenkin turha pelotella asialla, joka ei ole todellisuutta. Yksikään toimija maailmassa ei nimittäin tällaisia testejä tarjoa. Oma yrityksemme tarjoaa testejä laktoosi-intoleranssin ja verisuonitukosriskin selvittämiseksi. Tieto laktoosi-intoleranssia aiheuttavasta geenimuodosta voi auttaa ymmärtämään vatsavaivoja ja tekemään oikeita ruokavalioratkaisuja. Samoin tieto geneettisestä laskimotukosalttiudesta tukee esimerkiksi sopivan ehkäisymuodon valintaa. Tämä on arvokasta tietoa myös hoitavalle lääkärille esimerkiksi leikkauksen, synnytyksen tai pitkäkestoisen vuodelevon yhteydessä.

Ihmiset ovat jo pitkään saaneet tietoonsa terveyttä koskevia tuloksia esimerkiksi verenpaineen ja kolesteroliarvojen muodossa. Näihin molempiin liittyy lisääntynyt riski sydän- ja verisuonitaudeille, kuten esimerkiksi aivohalvaukselle. Tähän verrattuna tieto laktoosi-intoleranssiriskistä ei varmasti aiheuta suurta ahdistusta. On myös harhaanjohtavaa puhua geenitesteistä yleisesti, sillä kutakin testiä tulisi arvioida erikseen. Osa testeistä soveltuu suoraan kuluttajien verkkokaupasta tilattaviksi, kun taas toiset testit vaativat tuekseen ammattilaisen suorittaman perinnöllisyysneuvonnan. Tämä tulisi huomioida myös tulevassa lainsäädännössä.

Suomessa on investoitu viimeisen parinkymmenen vuoden aikana merkittäviä summia genetiikan tutkimukseen. Perusteettomien uhkakuvien maalailun sijaan olisi tärkeää keskustella rakentavasti siitä, miten tutkimustulokset saataisiin hyödynnettyä mahdollisimman tehokkaasti ihmisten terveyden edistämiseksi.

Niina Saarinen, Toimitusjohtaja
Joni Turunen, LT, Lääketieteellinen johtaja
Geenitesti.fi / Genecodebook Oy

Kirjoitus on lähetetty julkaistavaksi Sunnuntaisuomalainen-liitettä julkaiseviin lehtiin (Keskisuomalainen, Savon Sanomat, Ilkka, Etelä-Suomen Sanomat, Karjalainen ja Pohjalainen).

Geeniblogi on nyt Geenitesti.fi:n virallinen blogi

Geeniblogi on nyt uuden terveyspalvelun Geenitesti.fi:n virallinen blogi. Geenitesti.fi on verkkopalvelu, josta voi tilata geenitestipaketin ja tulosten tulkintapalvelun. Ensimmäiset kuluttajille suunnatut testit selvittävät laktoosi-intoleranssin ja verisuonitukosten alttiutta. Palvelun takana on suomalaisten genetiikan asiantuntijoiden perustama Genecodebook Oy.

Geeniblogissa kommentoidaan ja pohditaan jatkossakin ihmisgenetiikan mielenkiintoisia ilmiöitä, tapahtumia ja uutisia.

Amerikassa FDA alkaa säädellä kuluttajille tarjottavia geenitestejä?

Koko jupakka alkoi siitä, kun Pathway Genomics ilmoitti alkavansa tarjota geenitestejä kuluttajille amerikkalaisen apteekin kautta (Walgreens). Tarkoitus oli myydä geenitestauskittejä tuhansissa apteekeissa ympäri USA:ta. DNA eristettäisiin syljestä. Alle kahdessa vuorokaudessa FDA lähetti Pathway:lle kirjeen ja määritteli kuluttajille tarjottavat geenitestit lääketieteellisiksi laitteiksi. Tästä seurasi, että testit tulisi nyt hyväksyttää FDA:lla. Walgreen löi jarrut päälle ja Pathway vetäytyi suunnitelmasta. Kuitenkin markkinoilla on jo yrityksiä, jotka tarjoavat samankaltaisia testejä suoraan kuluttajille. Miten näihin FDA nyt suhtautuisi?

Heinäkuun 10 päivä FDA lähetti kirjeet viidelle tunnetuimalle geenitestejä tarjoavalle yritykselle : 23andMe, Navigenics, deCODE Genetics, Knome ja Illumina. Näistä 23andMe, navigenics ja deCODE Genetics tarjoavat geenitestausta suoraan kuluttajille, kun taas Knomella on koko perimän analysointipalvelu, jossakin muualla tehdystä sekvenssistä ja Illumina tuottaa esimerkiksi 23andMe:lle geenitestaus-sirut. Newsweek julkaisi FDA:n Alberto Gutierrez’n erinomaisen haastattelun aiheesta. Ainakaan vielä toistaiseksi ei ole julkaistu tietoa, ovatko yritykset vastanneet FDA:lle ja mitä ne aikovat seuraavaksi.

Asia on levinnyt nyt vielä laajemmalle käsittämään kaikkia laboratorioissa tehtäviä testejä. FDA ilmoitti heinäkuun 16. päivä, että se aikoo pitää avoimen kokouksen 19.-20. päivä, jossa pohditaan kuinka FDA jatkossa hoitaa laboratoriossa tehtävien testien säätelyä. Odotamme mielenkiinnolla tuloksia kokouksesta.

Nyt meneillään olevat FDA:n pohdinnat ja päätökset vaikuttavat huomattavasti kuluttajille suunnatun geenitestauksen tulevaisuuteen. Ymmärrettävää on, että lääketiede vaatii säätelyä ja kontrollointia, mutta mahdollisesti FDA:n liiaksi tiukentuva linja tukee lääketieteen paternalistista otetta ja tulee kalliiksi kuluttajille. Joka tapauksessa kuluttajilla on oikeus omaan terveystietoonsa!

DeCODElla uudet omistajat

Aikaisemmin kirjoitimme islantilaisen deCODE-geenitutkimusfirman konkurssista, mutta yritys on nopeasti löytänyt uudet omistajat. DeCODEn ostajana on konsortio Saga Investments LLC, joka muodostuu investointiyrityksistä (mm. Polaris Ventures ja ARCH Venture Partners). Lehdistötiedotteen perusteella ”uuden” deCODEn fokus ei merkittävästi muutu, sillä yritys keskittyy jatkossakin ihmisgenetiikkaan ja tämän pohjalta kehitettäviin sovelluksiin ihmisten terveyden parantamiseksi. Yrityksellä on nyt uusi toimitusjohtaja Earl “Duke” Collier, joka on aikaisemmin toiminut mm. Genzymellä. DeCODEn perustaja, tutkijalääkäri Kari Stefansson, siirtyy toimitusjohtajan pallilta tutkimuspuolen johtoon.

Mielenkiinnolla odotamme, kuinka uusi omistus ja johto saavat käännettyä vuosi kausia tappiollisena toimineen firman kannattavaksi yritystoiminnaksi. DeCODEn tieteellisessä annissa genetiikalle ei ole ollut mitään vikaa, mutta geneettisten riskivariaatioiden löytymisestä kaupalliseen sovellukseen on vielä hyvin pitkä matka. Tammikuussa julkaistusta lehdistötiedotteesta ei käy ilmi, aikooko yritys muuttaa toimintastrategiaansa millään tavalla. Joka tapauksessa heillä on käytössä mahtava tietopankki islantilaisten terveystiedoista DNA:n kera.

DeCODEn verkkosivustojen perustella yritys näyttäsi edelleen jatkavan geenitestauksen myymistä suoraan kuluttajille (deCodeMe). Olisi erittäin mielenkiintoista tietää kuinka paljon asiakkaita tällä palvelulla on ollut. Testipatteristo on hyvin samankaltainen kuin amerikkalaisilla kilpailijoilla Navigenicsilla ja 23&me:llä. Varmaa kuitenkin on, että kuluttajille suunnatulla geenitestauksella ei mitenkään voida peittää yrityksen tämänhetkisiä tutkimuskuluja. Jäämme mielenkiinnolla seuraamaan deCODEn ponnistuksia muuttaa mielenkiintoinen ja korkeatasoinen geneettinen tutkimus kaupallisesti kannattavaksi liiketoiminnaksi!

Mielenkiintoisin genomiprojekti!

Kirjoitimme aiemmin erilaisista genomiprojekteista, jotka näyttävät kasvavan koko ajan suuremmiksi ja kunnianhimoisemmiksi, ainakin jos kunnianhimoa mitataan datamäärällä. Mielenkiintoisuudessaan ylivertainen projekti ei kuitenkaan ole 1000Genomes tai Genome10k, vaan Personal Genome Project (PGP).

Nyt on jo selvää, että henkilökohtainen lääketiede yleistyy pian ja tulee muuttamaan lääketiedettä merkittävästi. Enää ei olla kovin kaukana sellaisesta tilanteesta, jossa jokainen halukas voi ostaa täydellisen tiedon perimästään ja käyttää tätä tietoa esimerkiksi terveysriskien arvioimiseen, sopivien hoitomuotojen valintaan tai vaikkapa sukujuurien selvittämiseen. Personal Genome Project pyrkii luomaan oikeanlaisia käytäntöjä (esim. eettisiä, lainopillisia ja sosiaalisia) geenitiedon hyödyntämiseen sekä kehittämään tekniikoita ja tapoja joilla yksityiset henkilöt voivat hyödyntää omaa geneettistä informaatiotaan.

Projektiin pyritään keräämään 10 000 vapaaehtoista, joiden perimä analysoidaan ja julkaistaan. Tämän lisäksi osallistujien terveys- ja muuta tietoa kartoitetaan laajasti ja julkaistaan samassa tietokannassa. Juuri näiden tietojen yhdistelmä tekee aineistosta arvokkaan. Projektin kotisivuilta saa jo nyt esimakua hankkeessa tuotettavasta datasta, sillä kymmenen ensimmäisen vapaaehtoisen (PGP-10) tiedot on jo nyt vapaasti saatavilla verkosta. Aineisto sisältää jokaisen osallistujan sairaushistorian, tiedot lääkityksestä ja elintavoista, sekä lähes täydellisen informaation heidän perimästään.

Tällaiselle projektille on ehdottomasti tilaus ja itse asiassa oikeiden käytäntöjen luomisella alkaa olla jo kiire, sillä erilaisten customer genetics – yritysten kautta voi jo helposti tilata geneettistä tietoa itsestään. Vaikka tällä hetkellä markkinoilla olevat yritykset (esim. 23andme ja navigenics) vetävätkin mutkia suoriksi data-analyyseissään, suuntaus genomitiedon hyödyntämisessä on oikea: ihmisillä on halutessaan oikeus tietää perimästään, mahdollisista sairausriskeistään sekä heille sopivista hoidoista. Geenitiedon tuottaminen on nykyisin teknisesti helppoa, nopeaa ja melko halpaa. Nyt on tärkeää löytää käytäntöjä, joilla tämä tärkeä informaatio voidaan arvioida oikein ja kääntää helposti ymmärrettävään muotoon, jotta ihmisillä on mahdollisuus hyödyntää tätä tietoa omaa terveyttään koskevissa päätöksissä.

Kannattaa siis ehdottomasti tutustua projektiin ja seurata sen etenemistä! Personal Genome Projektista tehdään myös dokumenttia, jonka kolme ensimmäistä löytyvät youtubesta: osa 1, osa2 ja osa3.

Teknologian kehitys suoristaa mutkia harvinaisten sairauksien geenitutkimuksessa

Geneettisten tekniikoiden kehitys on tehnyt mahdolliseksi yleisten kansantautien alttiusgeenien tehokkaan tutkimisen, vaikkakaan hurjimmat visiot eivät vielä olekaan toteutuneet. Teknologinen kehitys on avannut uusia mahdollisuuksia myös harvinaisten geneettisten sairauksien tutkimiseen. Hyvä esimerkki tästä on Nature Geneticsissä julkaistu uusi tutkimus, jossa paikannettiin Miller-oireyhtymää aiheuttava geeni.

Perinteisesti harvinaisten geneettisten sairauksien mutaatioiden paikantaminen on alkanut siten, että sairauden aiheuttavan geenin paikka perimässä on pyritty paikantamaan tilastollisten geenikartoitusmenetelmien avulla (esim. kytkentäanalyysi). Tämän jälkeen rajoitetulla alueella olevia kandidaattigeenejä on sekvensoitu mutaatioiden paikantamiseksi. Miller-oireyhtymän geenitaustan selvittäneessä tutkimuksessa kiehtovaa oli lähestymistavan suoraviivaisuus: sen sijaan että tutkimusryhmä olisi turvautunut perinteiseen kytkentäanalyysiin, he päättivät sekvensoida neljältä Miller-potilaalta kaikki perimän proteiinia koodaavat alueet eli eksonit. Tämän jälkeen tutkijat listasivat kaikki sellaiset geneettiset variaatiot, jotka saattaisivat aiheuttaa muutoksia proteiinin toimintaan (aminohappoa tai silmukointia muuttavat geenimuodot sekä insertiot/deleetiot). Näitä verrattiin aiemmin tunnettuihin tietokannoista löytyviin geneettisiin variaatioihin, jotta nämä väestössä yleisesti tunnetut geenimuodot voitiin sulkea pois. Lisäksi tutkijat arvioivat bioinformatiikan menetelmin löydettyjen geenimuutosten todennäköistä vaikutusta proteiinien rakenteeseen sekä toimintaan ja tämän analyysin perusteella harmittomat geenimuutokset suljettiin edelleen pois. Näiden siivoustoimenpiteiden jälkeen ainoastaan DHODH-geenistä löydetyt mutaatiot sopivat Miller-oireyhtymän oletettuun resessiiviseen periytymismalliin. Kaiken kaikkiaan neljältä potilaalta löytyi kuusi harvinaista DHODH-geenin toimintaan vaikuttavaa mutaatiota. DHODH-geenin mutaatioiden voitiin siis todeta olevan Miller-oireyhtymän taustalla.

Edellä kuvattu strategia on hyödyllinen etenkin erittäin harvinaisten sairauksien geneettisen taustan selvittämisessä. Perinteiset geenikartoitusmenetelmät ovat nimittäin riippuvaisia perheaineistoista, joissa on kaksi tai useampia sairaita perheenjäseniä. Suoraan sekvensointiin perustuvassa lähestymistavassa tällaista vaatimusta ei ole. Lisäksi vakavien monogeenisten sairauksien osalta on oletettavaa että syy löytyy merkittävästi proteiinin toimintaa tai rakennetta häiritsevästä mutaatiosta. Näin tässäkin tutkimuksessa voitiin keskittyä ainoastaan proteiinia koodaavien alueiden sekvensointiin, sen sijaan että potilaiden koko perimä olisi analysoitu.

Tutkimuksessa tehtiin myös erittäin mielenkiintoinen sivuhavainto. Tutkimuksessa mukana olleista neljästä potilaasta kaksi oli sisaruksia, joilla esiintyi toistuvasti erilaisia infektioita. Tämä havainto oli askarruttanut kliinikoita, sillä ei tiedetty onko tämä esimerkiksi Miller-oireyhtymän harvinainen oire vai täysin tästä sairaudesta riippumaton oire. Sekvensoinneissa sisaruksilta löytyi mutaatio myös DNAH5-geenistä, jonka tiedetään altistavan hengitysteiden bakteeri-infektioille. Tämä oire oli siis täysin Miller-oireyhtymästä riippumaton. Löydös antaa kuitenkin viitteitä tulevasta lääketieteen kehityksestä. Jatkossa tulee olemaan yhä yleisempää että potilaan koko perimä tunnetaan, jolloin joihinkin oireisiin ja sairauksiin voidaan hakea syitä suoraan geneettisestä tiedosta. Tämän ns. henkilökohtaisen lääketieteen odotetaan olevan yksi keskeisiä lääketiedettä muuttavista aloista tulevaisuudessa.

Syöpägenomeja sekvensoitu

Naturen advance on-line palstalla on julkaistu kaksi tutkimusta, joissa sekvensoitiin kokonaisia syöpägenomeja. Toisessa sekvensoitiin melanooma 43-vuotiaalta mieheltä ja verrattiin tätä hänen valkosolujensa perimään. Toisessa tutkimuksessa sekvensoitiin perimä pienisoluisesta keuhkosyövästä. Yhteistä molemmille syöville on, että vahva karsinogeeninen vaikuttaja tiedetään, eli tupakka pienisoluisessa keuhkosyövässä ja auringonvalo melanoomassa.

Tunnettu tosiseikka on, että kun soluihin kertyy somaattisia mutaatioita, niin syöpä saa jossain vaiheessa alkunsa. Näitä somaattisia mutaatiota on identifioitu viime vuosikymmeninä useita. Aikaisemmin on jo julkaistu leukemian ja rintasyövän genomit. Kunhan the Cancer Genome Atlas Program etenee, niin lisää syöpägenomeja saadaan lähivuosina selvitettyä. Todellinen hyöty sekvensseistä kuitenkin saadaan diagnostiikkaan ja lääkekehitykseen, kun samaa syöpälajia on sekvensoitu useita kymmeniä tai jopa satoja kappaleita.

Nämä kaksi artikkelia paljastivat mielenkiintoisen asian. Pienisoluisesta keuhkosyövästä löytyi 22 910 mutaatiota ja vastaavasti melanoomasta 33 345. Ulkopuoliset karsinogeenit aiheuttavat mutaatioita perimään pikkuhiljaa, mutta jossain vaiheessa käy huono tuuri ja mutaatio osuu onkogeeniin. Mutaatioista suhteellisesti suurempi osa oli koodaavan alueen ulkopuolella, joten solujen korjausmekanismit suojelevat kohdennetusti tärkeitä koodaavia alueita. Keuhkosyöpätiimi arvioi, että 15 poltettua tupakkaa aiheuttaa keskimäärin yhden mutaation.

Islantilainen geenifirma deCODE konkurssiin

Marraskuussa islantilainen geenifirma deCODE hakeutui konkurssiin. Vuonna 1996 perustettu yritys on kerännyt islantilaisista DNA-näytteitä sekä tietoa taudeista. DeCODE onkin yli 10 vuoden aikana julkaissut yli 100 kovatasoista artikkelia geenilöydöksistä ja sen tietopankki on yksi maailman kattavimpia. Monitekijäisissä taudeissa vain matka riskigeeneistä varsinaiseen lääkekehitykseen on pitkä. DeCODE teki tappiota koko olemassa olonsa ajan hyvästä tieteellisestä tuotoksestaan huolimatta.

Koska lääkekehitys oli hidasta ja se ei tuottanut deCODElle rahaa, se myös yritti kaupallistaa geenitestausta myymällä testejä suoraan kuluttajille (deCODEme). Idea oli samankaltainen kuin amerikkalaisilla vastaavilla yrityksillä 23&me ja Navigenics. Tämäkään ei tehnyt yrityksestä kannattavaa. Nykyisessä taloudellisessa tilanteessa on mielenkiintoista nähdä kuinka deCODEn kilpailijat selviävät. 23&me ja Navigenics ovat myös investoineet kovasti laboratoriotyökaluihin ja geenitestimarkkinat eivät ole vielä kovin suuret.

Sekvensoinnin kustannukset romahtavat?

On todennäköistä, että koko perimän luenta sekä nopeutuu että halpenee merkittävästi lähivuosina. Science raportoi uudesta nanopartikkeleihin perustuvasta menetelmästä, jolla ihmisen genomi voidaan selvittää jopa yli kymmenen kertaa aiempaa halvemmalla. Kustannuksia alentaa ennen kaikkea se, että reagensseja ei tarvita yhtä suuria määriä kuin perinteisillä tekniikoilla. Tutkimusryhmä sekvensoi kolme ihmisen genomia, joista kunkin hinnaksi tuli noin 4400 dollaria. Uusi tekniikka vaikuttaa myös erittäin tarkalta, sillä ainoastaan yksi sadastatuhannesta nukleotidistä luettiin virheellisesti.